L'idée d'ouvrir une voie de navigation intérieure en Bretagne remonte au xvie siècle lors de l'union du duché de Bretagne au royaume de France
Il faut cependant attendre le début du xixe siècle et le blocus de Brest par les Britanniques, pour convaincre Napoléon Ier de l'intérêt stratégique de débloquer Brest par l'arrière-pays, d'approvisionner en vivres et munitions les arsenaux de Brest et Lorient avec Nantes et Saint-Malo
En 1836, le canal fut ouvert de Nantes à Brest, sur 360 kilomètres de long, 238 écluses rachetant une dénivellation totale de 555 mètres, empruntant successivement les cours de l'Erdre, de l'Isaac, de l'Oust (Redon-Rohan), du Blavet (Pontivy-Gouarec), de l'Hyères et de l'Aulne.
De 1845 à 1858, les travaux se poursuivent entre Châteaulin et Port Launay afin de réaliser un bassin à flot susceptible d'accueillir les unités de haute mer. L'écluse maritime de Guilly Glaz fut inaugurée en 1858 par l'Empereur Napoléon III et l'impératrice Eugénie.
La première guerre mondiale, la réquisition des péniches, la mise en service du chemin de fer (Carhaix - Châteaulin - Camaret en 1911) marquèrent un net coup de frein au commerce sur le canal.
Le coup de grâce intervient avec la construction du barrage hydroélectrique de Guerlédan sur le Blavet, en 1923. Nantes était désormais coupé de Brest. Le trafic décline rapidement.
La dernière péniche à faire le voyage est le Mistral. C'est à Saint-Congard qu'il décharge sa dernière cargaison de sable en 1977.

Aujourd'hui le Canal vit différemment, autour du tourisme fluvial, de la pêche et de la randonnée. Il s'inscrit dans la Vélodyssée, véloroute européenne de 1200 km  qui traverse la Bretagne et longe l'Atlantique jusqu'à la Côte basque.
Plus de 47 000 passages ont été comptabilisés sur le chemin de halage à  Saint-Congard en 2019.